課程資訊
課程名稱
基因體數量分析方法
Quantitative Medthod Genomic Research 
開課學期
100-2 
授課對象
公共衛生學院  流預所預防醫學組  
授課教師
程蘊菁 
課號
EPM7174 
課程識別碼
849 M0690 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期四5,6(12:20~14:10) 
上課地點
公衛214 
備註
本課程中文授課,使用英文教科書。1.上課地點:公衛214與賴亮全、蔡孟勳、蔡坤憲、施惟量合開
限學士班三年級以上
總人數上限:30人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1002QuantGene 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程主旨在於學習如何分析基因體及遺傳相關的資料,目的在於循序漸進以進行基因體及遺傳相關研究。課程內容分為二大部份:基因體及遺傳關聯分析以及其於不同領域之應用。針對每一部分,先介紹實驗設計,接下來運用各種遺傳軟體進行實際分析。修課學生以具備遺傳學、生物統計或生物資訊的背景,或相關研究的經驗為佳。學生將需繳交作業與期中、期末報告。
 

課程目標
訊練學生做基因相關研究的實務分析能力 
課程要求
英文文獻的閱讀及遺傳分析軟體之操作 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
1) Human Genome Epidemiology
Khoury MJ, Little J, Burke W (Eds.) 2004
2) Introduction to Genetic Analysis
Griffiths AJF, Wessler SR, Lewontin RC, Carroll SB (Eds.) 9th ed., 2008
 
參考書目
1) Statistical Methods in Genetic Epidemiology, Duncan C. Thomas Oxford 2004.



 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
作業  
60% 
每份作業15% 
2. 
期中及期末報告 
30% 
期中:10%; 期末:20% 
3. 
出席 
10% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
02/23  前言及遺傳關聯性研究設計

Introduction and Study Design of Genetic Association 
第2週
03/01  遺傳標記的選取
Selection of Genetic Markers
 
第3週
03/08  遺傳半型block與連鎖不平衡測定 (作業1)
Haplotype Block and Hardy-Weinberg Equilibrium Test (HW1)
 
第4週
03/15  單一核苷酸多型性分析
SNP Analyses
 
第5週
03/22  遺傳半型分析 (作業2)
Haplotype Analyses (HW2)
 
第6週
(3/30 Fri., 3/31 Sat.)  A. (3/30, Fri.)遺傳國際研討會 (FBAT, PBAT): 陳為堅院長主辦, 程蘊菁籌備
Symposium on Challenges of –omic Data Analyses (DNA sequencing, transcriptome)
Keynote Speakers:
1) Prof. Nan Laird (Harvard School of Public Health, MA)
2) Prof. Steve Glatt (Upstate University, NY)
3) Prof. Ming Tsuang (UC San Diego, CA) (莊明哲院士)
B. (3/31, Sat.) Workshop on using FBAT and PBAT programs 
第7週
04/05  溫書假 (Study Break) 
第8週
04/12  期中討論及報告 (Midterm Discussion and Presentation) 
第9週
04/19  專題演講: 多重測定之校正 (胡賦強 老師)
Special talk: Correction for Multiple Tests
 
第10週
04/26  專題演講: 探討潛在生物路徑 (蔡孟勳 老師) (作業3)
Special talk: Explore potential Biological Pathways (HW3)
 
第11週
05/03  全基因關聯研究
Genome-Wide Association Study
 
第12週
05/10  失智症之遺傳研究
Genetic Research on Dementia
 
第13週
05/17  基因與環境之交互作用
Gene-Environment Interaction  
第14週
05/24  專題演講: DNA甲基化之遺傳研究 (賴亮全老師) (作業4)
Genetic Research on DNA Methylation (HW4)
 
第15週
05/31  攝護腺癌之遺傳研究
Genetic Research on Prostate Cancer
 
第16週
06/07  專題演講: 傳染遺傳流行病學 (蔡坤憲老師、施惟量老師)
Special talk: Infectious-Disease Related Genetic Association Research (microRNA, etc.)
 
第17週
06/14  期末報告 (I)
Final Presentation (I)
 
第18週
06/21  期末報告 (II)
Final Presentation (II)